Múzeum Jána Cikkera patrí medzi najmladšie na Slovensku. Vzniklo v roku 2004 rozhodnutím Nadácie Jána Cikkera. Členov Nadácie k tomuto kroku viedla snaha zachovať pozostalosť Jána Cikkera a v čo najväčšej možnej miere šíriť jeho tvorivý odkaz a dielo.

Rodinnú vilu z obdobia funkcionalizmu, kde múzeum v súčasnosti sídli, obýval slovenský hudobný skladateľ Ján Cikker od roku 1967 až do svojej smrti. Dom, obkolesený menšou záhradou, v roku 1947 navrhli významní slovenskí architekti Eugen Kramár a Štefan Lukačovič. Manželia Cikkerovci si ho kúpili i vďaka finančnému obnosu, tvoriacemu súčasť medzinárodnej Ceny G. von Herdera. Toto ocenenie udelila viedenská univerzita Jánovi Cikkerovi za humanizmus a vysoké etické princípy v jeho tvorbe.

Pani Katarína Cikkerová po manželovej smrti založila nadáciu, ktorá nesie skladateľovo meno. Neskorší testament určil Nadáciu Jána Cikkera za jediného dediča cikkerovskej pozostalosti.

Po smrti pani Cikkerovej sa správna rada nadácie rozhodla atraktívnu mestskú vilu využívať na kultúrno – muzeálne ciele. Toto miesto okrem svojej duchovno – kultúrnej hodnoty, spojenej s veľkým skladateľom, má aj nie všednú atraktivitu vďaka zvláštnemu kontrastu funkcionalistického objektu a vzácneho historického nábytku. Sprístupňuje veľmi osobitý kontrapunkt okázalosti dávnych dôb a sugestívnych odtlačkov fluida prostredia, obývaného v rozporuplných socialistických okolnostiach pracovitým a nesmierne skromným skladateľským géniom. Keďže múzeum dostalo od nadácie do vienka aj ďalšie ciele, zmysel zakonzervovania tohto „genia loci“ sa nemohol zrealizovať striktne kompletne. Prízemie budovy prešlo zmenami, keďže zriaďovacia listina zaväzuje múzeum k tomu, aby bolo miestom, kde sa nielen vytrieďuje zbierkový fond a sprístupňuje Cikkerov odkaz verejnosti, ale kde sa budú usporadúvať i rôzne typy koncertov, prednášok, konferencií prípadne audiovizuálnych aktivít s možnosťou reprezentačných prezentácií iných inštitúcií. V súlade s architektonickým návrhom inžinierov architektov Tomašákovcov sa priestor skladateľovej obývačky a jedálne zmenil na menšiu koncertnú či prednáškovú sieň. Z pôvodného vybavenia týchto priestorov tam ostalo skladateľovo klavírne krídlo, či niekoľko obrazov a kvôli svojej osobitej kráse aj unikátna baroková skriňa.

Múzeum Jána Cikkera má muzeálnu stránku aktivity len ako časť svojho poslania. Želateľným momentom jeho činnosti je aj snaha o spoločenské využitie tohto atraktívneho priestoru.